多年来，知网利用其市场主导地位，相关服务频频提价专家：知网涉嫌滥用市场主导地位。其收费不光众多个人大呼受不了，作为知网使用大户的一些高校也在吐槽“涨价离谱”。2016年1月7日，武汉理工大学图书馆发布声明称，知网从2000年至今，对该校的报价每年都有10%以上的涨幅，尤其是2012年涨幅高达24.36%，2010年至2016年报价涨幅达132.86%，年均涨幅达18.98%。但涨价背后，期刊、论文作者等知识生产者却很难从知网分一杯羹。信息搜索显示，2012年至2021年的10年间，知网至少有6所高校发布过暂停使用的公告，而停止使用的原因都是知网价格涨幅过高，与学校无法达成使用协议。其中，影响最大的是2016年3月，北京大学官网上贴出因中国知网涨价而停用的通知，引发了对知网垄断的质疑。多位业内人士指出，知网之所以能够毫无顾忌地涨价，最关键的一点在于掌握了市场的话语权。知网的涨价让许多订购其服务的高校和科研院所叫苦不迭。但他们对知网涨价却没有任何反抗之力。虽然一些高校和科研院所对知网采取过抵制动作，但结果都以客观需要而向知网妥协告终。武汉理工大学图书馆在2016年怒批并停用知网，但不到一个月后，知网数据不得不重新订购并恢复开放。

此外，知网被广大毕业生吐槽最多的是论文查重专家：知网涉嫌滥用市场主导地位。由于知网拥有较为丰富的全文比对资源库支撑，查重结果权威性更高，各高校往往将其作为首选。而高校一般免费为学生提供两次知网查重检测，一次为初检，二次为专业检测，也就是终检。一旦用完学校提供的免费论文查重机会，若还有查重需求，大部分学生只得花钱在电商平台购买更多论文查重服务。记者在电商平台上查询发现，论文查重服务少则几元，多则几百元，多则上千元，据商家介绍，价格越高，其背后的数据库内容就越全。尤其临近毕业，不少学生反映网络平台查重费用不断飙涨。对于收费过高的质疑，知网多次表示，从未开放查重功能给个人用户，只有高校、科研单位等机构用户才有这个权利。