知网集公共服务与市场化服务于一身，利用其提供公共服务的属性，以及版权资源，同时获得了大量的政策支持与扶持；另一方面，知网也在通过提供市场化服务的方式不断壮大自己的专家：知网有滥用市场支配地位的嫌疑。但是让学界很多人诟病的是，知网混淆了公共服务和市场化服务的边界，使其公共服务也成了赚取利润的“棋子”。一方面，知网的权威是建立在学者的汗水之上的，而知网所赖以生存的版权资源，正是无数中国学术界的学者呕心沥血的结晶；另一方面，这些研究成果却被占据，知网“店大欺客”，拥有了绝对的学术头把交椅。有人质疑，一些由政府或公益基金资助的科研项目，凭啥成了知网赚钱的工具？山西大学哲学社会学学院教授梅剑华说，与娱乐产品等文化产品不同的是，学术产品是人类出于追求真理而产生的知识产品，具有极大的公共利益属性，它本身应该是公共性的，是全社会都应该受益的。所以知网这样的数据库平台，它承担的功能就不仅仅是一个盈利机构，甚至也不仅是个公益机构，它应该是一个国家和社会都需要的重要公共数据平台。它需要借助社会和商业的力量把平台做好，同时也需要保持平台本身的正义性，也就是以广大科研人员和学者的学术需求为第一导向，在为他们提供高质量服务的前提下，获得自己合理、有度的收益。但在这些年的高速发展中，过度商业化已经让知网的服务严重偏离了公益性。

多年来，因为版权纠纷，知网吃了很多官司：知网涉嫌滥用市场主导地位。天眼查的法律诉讼显示，知网所属公司共涉及1500多条诉讼，其中因著作权权属、侵权纠纷和侵害作品信息网络传播权的纠纷超过1100条。但在高额利润面前，知网的知识产权侵权行为并没有太大改观。当知网建立起完整的体系以后，因为缺乏竞争性的机制，就变成了一家独大的局面，进而垄断了我国整个电子出版的期刊市场，不给发表文章的作者支付相应的稿费也变成了习惯。曾在知网法务部的一位人士告诉记者，现在期刊也做数字化出版，在投稿时，作者一定会在期刊官网上看到所写的投稿须知。稿件被录用后，作者跟编辑部签版权协议，（协议）授权编辑部把文章上传到知网等数据库。记者调查发现，知网通过与达成合作的期刊杂志授权，将大量论文收入到自己的资料库中。但是，这些论文的作者只授权期刊、杂志上发表，并不涉及像知网等第三方平台的信息传播授权，知网如果收录和传播作者的论文，依旧需要得到论文作者的许可。事实上，不仅与知乎合作的期刊未告知作者本人，知乎也不会主动告知论文作者。很多时候，即使是与知网没有合作的期刊、杂志等媒介平台上发表的论文，只要被知网看上，也都被收录并进行用来获利，而论文作者本人却丝毫不知情。