学校一直重视科研工作，取得了大量有广泛影响的重要成果。建校初期的“公社数学”曾受到毛主席的赞扬，离子交换法制备碳酸钾获1978年全国科学大会奖。近年来，承担了国家“973”、“863”计划项目等一大批高层次科研课题，在应用数学、激光偏光、电气信息、生物资源开发利用、国土规划、物理化学、孔子儒学、教育科学、体育科学等学科领域达到了较高水平。近三年累计承担国家级项目170项，省部级项目近300项，省部级科研成果奖近100项。尤其在人文社科研究方面具有得天独厚的优势，连续8年获山东省社科优秀成果奖一等奖；近5年获国家社科基金项目总数位居省内高校前3名；教育部2014、2015、2016年人文社科立项数量在全国高校中位居前列，在山东省属高校中排名第一。

学校秉承我国实学传统，切实履行高校为社会服务的职能。从上世纪50年代的“土蒸馏釜”到70年代的“跳流鼻坎”最优解，到80年代的“长清模式”、90年代的黄河三角洲可持续发展战略模式，对经济社会建设产生了重要影响。特别是我校运筹所的《优选法》、《统筹法》在支持成昆铁路建设中发挥了重要作用，1978年获国家科学技术进步特等奖。近年来，学校积极参与曲阜优秀传统文化传承发展示范区、山东半岛蓝色经济带、黄河三角洲高效生态经济区、鲁西经济隆起带建设，实施服务地方行动计划，在山东省新农村建设、土地利用规划、黄河三角洲生态农业综合开发、南四湖生态环境保护和生物资源利用、优秀传统文化传播等方面取得重大成果。深化校地、校企、校校协同创新，先后与中国统计信息服务中心共建中国教育大数据研究院，联合山东大学等5所“985”高校成立“儒家文明协同创新中心”，与北师大出版集团合作成立华东分社，与浪潮集团、山东省教科院、山东省教育信息中心、济宁市高新区建立全面战略合作关系，与日照市合作成立“日照旅游发展研究院”。